Les Amérindiens sont également touchés par la Guerre de Sécession, un conflit qui ne semble pas les concerner de prime abord. Le recensement de 1860 dénombre 340.000 Amérindiens, dont 110.000 vivants dans des réserves. Au fur et à mesure du développement américain, les Amérindiens sont repoussés vers l’Ouest. Ils s’établissent dans des réserves créées à leur intention dans des territoires vides et dépourvus d’intérêt. Ils sont perçus comme un obstacle. Les tribus du Sud (Cherokee, Choctaw, Creek, Chickasaw, Séminole) se sont converties au christianisme, allant même jusqu’à adopter le mode de vie blanc (exploitation agricole, recours à l’esclavage). Les Américains les appellent les Cinq nations civilisées. Cela n’empêche pas le gouvernement fédéral de les regrouper dans des réserves en Oklahoma. Les conditions de vie sont désastreuses. Plusieurs milliers meurent de maladie ou de faim. Au déclenchement du conflit la majorité des Amérindiens apportent leur soutien à la Confé